Jerzy Bahr urodził się w 1944 roku w Krakowie. Ukończył socjologię na Uniwersytecie Jagiellońskim, a także trzyletnie politologiczne studia podyplomowe na tej samej uczelni. Początkowo pracował jako asystent na Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie, a potem na Uniwersytecie Śląskim w Opolu.
Pracę w Ministerstwie Spraw Zagranicznych rozpoczął w 1974 r. W latach 1976-1980 był I sekretarzem w ambasadzie RP w Bukareszcie.
Po ogłoszeniu stanu wojennego odszedł z MSZ. Dzięki poparciu Solidarności został zatrudniony w Katedrze Prawa Międzynarodowego na Uniwersytecie Jagiellońskim. W 1983 roku, gdy jako uczestnik wymiany międzyuczelnianej przebywał w Wiedniu, wystąpił o azyl polityczny w Austrii i go otrzymał.
Współpracował z Radiem Wolna Europa i zachodnimi instytucjami badawczymi. W latach 1986-1991 był ekspertem w Szwajcarskim Instytucie Wschodnim w Bernie.
W 1991 roku, po powrocie do kraju, ponownie podjął pracę w MSZ. W latach 90. był kolejno radcą ambasady polskiej w Moskwie (1991-1992), konsulem generalnym w Kaliningradzie, ambasadorem RP w Kijowie (1996-2001), a następnie w Wilnie (2001-2005).
W styczniu 2005 roku został szefem prezydenckiego Biura Bezpieczeństwa Narodowego i pełnił tę funkcję do 22 grudnia 2005 roku.
W maju 2006 roku otrzymał nominację na ambasadora RP w Rosji; został odwołany 30 września 2010 roku.
Jako polski ambasador w Moskwie miał powitać 10 kwietnia 2010 roku na lotnisku w Smoleńsku prezydenta Lecha Kaczyńskiego i delegację, która leciała na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. W katastrofie samolotu zginęła cała delegacja oraz załoga, w sumie 96 osób.
W książce Teresy Torańskiej "Smoleńsk" wspominał tamten dzień: Byłem przy prezesie Kaczyńskim, kiedy szedł do ciała brata. Trzymałem go pod rękę. Ostatnich kilkanaście kroków zrobił sam.
Bahr w Smoleńsku brał udział m.in. w uroczyści przekazania trumny z ciałem prezydenta Lecha Kaczyńskiego. Po uroczystości w rozmowie z dziennikarzami podkreślił, że Polska straciła w katastrofie wspaniałą część swojej elity.
Myśmy tych ludzi często widzieli, szczególnie w telewizji, albo słyszeli, jak się spierają, jak się popierają. Było w tym całe bogactwo polskiego życia politycznego, nasze troski, ale też i nasze nadzieje. Teraz okazało się, że z Boskiego wyroku, wszystko to się wyrównało. My stajemy jako naród ubożsi, i tak musimy dalej żyć - mówił wówczas Bahr.
MSZ w marcu 2012 opublikowało nagrania rozmów m.in. ministra Radosława Sikorskiego i ambasadora Bahra z Centrum Operacyjnym resortu, przeprowadzone 10 kwietnia 2010 r. niedługo po katastrofie smoleńskiej.
Bahr relacjonował, co widzi na miejscu katastrofy. Samolot jest całkowicie rozbity, stoimy w odległości 150 metrów, nie ma żadnego śladu życia, ugasili pożar, który był w przedniej części i to jest wszystko. Otoczone to jest już przez straż pożarną (...) Myśmy słyszeli tylko jak (samolot) przelatywał nad lotniskiem nisko, potem wszystkie samochody zaczęły jechać w tamtym kierunku - powiedział.
W 2015 roku Bahr zeznawał jako świadek w procesie b. wiceszefa BOR gen. Pawła Bielawnego, oskarżonego o nieprawidłowości w przygotowaniu wizyt w Smoleńsku i Katyniu premiera Donalda Tuska i prezydenta Lecha Kaczyńskiego z 7 i 10 kwietnia 2010 r.
Jak mówił b. ambasador, od początku przygotowywania obu wizyt wiadomo było, że nie uda się doprowadzić do oględzin lotniska Smoleńsk Siewiernyj, a w toku przygotowań BOR nie zgłaszał poważniejszych problemów, które wykraczałyby poza zwykłe, rutynowe kwestie.
Podkreślił, że w przeszłości to lotnisko było wykorzystywane przez polskie delegacje, które udawały się do Katynia - wymienił m.in. wizyty ministra sprawiedliwości Andrzeja Czumy i marszałka Sejmu Bronisława Komorowskiego. To lotnisko zawsze było związane z kłopotami organizacyjnymi, bo aby je udostępnić, musiały tam przyjeżdżać służby z Moskwy i Briańska. Przed wizytą premiera Donalda Tuska z 7 kwietnia była kontrowersyjna historia związana z bronią. Chcieliśmy, aby na cmentarzu w Katyniu została oddana salwa honorowa. Strona rosyjska mówiła, że to niemożliwe z uwagi na obecność na miejscu premiera Putina - zeznał dyplomata.
Lotnisko nigdy wcześniej nie podlegało oględzinom BOR przy podobnych wizytach. Uzyskanie takiego pozwolenia w warunkach rosyjskich byłoby wprost niemożliwe, bo było to lotnisko wojskowe. Lotnisko w takim stanie, w jakim było od strony infrastruktury, przedstawiało - na ile można powiedzieć po spojrzeniu gołym okiem - obraz nędzy i rozpaczy, zważywszy na budynki na jego terenie. Gdy jakieś delegacje miały się spotkać lub pożegnać, stawiano jakiś namiot, ponieważ budynki murowane były w bardzo złym stanie - mówił b. ambasador, przypominając, że jesienią 2009 r. to lotnisko w ogóle zostało zamknięte.